Эксперты «Диссернета» проводят анализ каждой исследуемой работы с использованием программного комплекса, в составе которого имеется ключевой компонент, получивший название “диссерорубка профессора Ростовцева”. В ряде случаев используются также возможности сервиса "Антиплагиат". 

Программный комплекс находит совпадения текстов из открытых интернет источников, специализированных баз данных (РГБ, тот же "Антиплагиат"), а также способен обрабатывать документы на бумажных носителях. Далее анализ заимствований из "подозрительных" источников ведется экспертом непосредственно, "глазами".

Результаты первичного исследования заносятся в сводную таблицу, в которой содержатся постраничные отчеты о совпадениях текста. На последнем этапе независимый эксперт снова выверяет эти отчеты, проверяя на наличие корректно оформленных цитат и возможность заимствований из своих собственных более ранних работ.

Затем финальные сводные таблицы экспертизы передаются  для публикации в СМИ, а также размещаются на сайте Сообщества. В отдельных случаях проверке подлежат и научные публикации авторов диссертационных работ."